Laut eines Windladenzettels wurde die erste Orgel der Stiftskirche 1695 von dem Orgelbauer Johannes Sommer aus Brilon erbaut. Wie die Inschrift auf dem bekrönenden Stifterwappen besagt, war sie eine Stiftung der Äbtissin Anna Elisabeth von und zur Hees. Das Instrument hatte ursprünglich fünf Register und eine kurze Oktave. Das ursprünglich grün marmoriert Gehäuse ist eine Arbeit des Schreiners Johannes Viegener aus Wenden.

Seit 1697 ist ein Organist nachgewiesen. 1777 wurde durch Arnold Boos (Niederndorf) eine Reparatur an der Orgel durchgeführt (Balgverbesserungen, Pfeifeninstandsetzung), nachdem das Angebot des Orgelbauers Johannes Thies aus Amöneburg abgelehnt worden war. Nach der Aufhebung des Stiftes verfiel die Orgel, darauf folgten Reparatur- und Umbauvorschläge durch die Orgelbauer Heinrich Dickel (Treisbach) und Hermann Loos (Siegen) 1839 und Adolf Fischer (Hirschberg) 1884.

1892 schließlich wurde die Orgel beseitigt und der Orgelbauer Oskar Ladegast aus dem thüringischen Weißenfels baute eine neue pneumatische Kegelladenorgel. Dabei verwendete er das alte Gehäuse wieder und versetzte es von der Emporenmitte vor den rechten Bogen zur Nonnenempore, wohinter er ein geräumiges Orgelzimmer einrichten konnte. Die Orgel hatte neun Register auf zwei Manualen und Pedal. Die Prospektpfeifen wurden nach der Ablieferung im Ersten Weltkrieg 1918 durch Ladegast ersetzt.

Ein zweiter Neubau folgte 1929 durch die Werkstatt Furtwängler & Hammer aus Hannover. Dabei wurden das alte Gehäuse, der Blasebalg und vier Register wiederverwendet. Auch die Plazierung der Orgel behielt Furtwängler & Hammer bei. Die Orgel hatte nun 13 Register inklusive zwei Transmissionen bei pneumatischen Taschenladen.

Auch nun wurde bald wieder an der Orgel gearbeitet. Zunächst führte der Orgelbauer Detlef Kleuker (Brackwede) um 1955 eine Reparatur durch, eventuell baute er die elektrische Gebläseanlage ein. Danach führte die Lübecker Firma Emanel Kemper & Sohn 1958 einen größeren Umbau durch. Die Arbeiten wurden unter Aufsicht des Siegener Firmenvertreter Eberhard Grössel durchgeführt. Dabei wurde die Orgel gegen den starken Holzwurmbefall behandelt, die Disposition wurde verändert (rund 200 neue Pfeifen kamen in die Orgel), die Prospektpfeifen wurden stillgelegt und der Schweller von 1929 entfernt. Im Zuge der Schädlingsbekämpfung erhielt der Orgelprospekt, der bis dahin einfarbig weiß gehalten war, eine Neufassung in den Farben der übrigen Kirchenbemalung.

Die Windladen waren im Orgelzimmer von links nach rechts folgendermaßen angeordnet: Pedalwerk, 2. Manual, 1. Manual, rechts daneben der Blasebalg.

Zuletzt waren die klanglichen Ergebnisse des Spiels auf der Orgel sehr unbefriedigend. Es gab viele technische Ausfälle und es war nicht ratsam, Register einzeln zu spielen. Daher wurde das Instrument am 12. Juli 1999 abgebrochen und danach durch einen Neubau ersetzt (→ Nr. 58).

Die Registerwippen des Spieltisches lagen in senkrechter Reihe über dem zweiten Manual, die Tasten für Tutti, F.K. etc. unter den Manualen und der Auslöser in Form eines Nagelkopfes unter dem Spieltisch, so dass er auch mit dem Knie bedient werden konnte. Jeder mit einer Zahl bezeichnete Kippschalter besaß auch einen Kombinations-Vorprogrammierungszug. Die Oberoktavkoppel war nur für die Terz im zweiten Manual ausgebaut. Die Taschenladen wurden mit pneumatischen Spiel- und Registertrakturen gesteuert.