Die erste Orgel erhielt die Wallfahrtskirche im Jahr 1668, als der Brixener Orgelbauer Jacob Köck ein gebrauchtes Positiv lieferte. Das Werk war zuvor im Besitz der Brixener Fronleichnamsbruderschaft und stammte von Daniel Herz (Brixen), 1650/51. 1692 musste das Positiv von Köck repariert werden.

Eine weitere Instandsetzung, bei der das offensichtlich hinterspielige Positiv in die Emporenbrüstung versetzt wurde, erfolgte 1704 durch Johann Caspar Hummel (Meran). Weitere kleinere Reparaturen fielen 1721, 1729, 1739 und 1750 an.

Eine neue, dem Kirchenraum auch in der Größe angemessene Orgel erhielt die Wallfahrtskirche im Jahre 1767 aus der Werkstatt von Ignaz Franz Wörle (Bozen). Das Werk hatte nun 17 Register auf zwei Manualen und Pedal. Die alte Herz-Orgel kam nach Kirchbach (Gailtal).

Nur zwölf Jahre nach dem Neubau wurde das Instrument 1779 durch Johann Götz (Toblach) umgebaut. Dabei wurde das Rückpositiv als Unterwerk in das Hauptgehäuse eingebaut und etliche Register wurden verändert. 1795 wurde die Disposition von Peter und Joseph Volgger (Arnbach bei Sillian) erneut leicht verändert. 1851 ist eine kleinere Arbeit eines unbekannten Orgelbauers verzeichnet.

Im Jahre 1899 erhielt die Wallfahrtskirche eine neue Orgel mit pneumatischer Traktur und 15 Registern aus der Werkstatt des Alois Fuetsch in Lienz. Bei dem Neubau wurden mehrere Register des Vorgängerinstruments wiederverwendet. Das Hauptgehäuse fertigte Fuetsch nach dem Laukhuff-Musterprospekt Nr. 17 neu, die Fassade des Rückpositivs stammt aus der Orgel von Wörle und wurde wieder aus der von Götz angelegten Integration in das ehemalige Hauptgehäuse gelöst (Blindprospekt). Die im Ersten Weltkrieg abgelieferten Prospektpfeifen wurden alsbald wieder ersetzt. 1946 erfolgte eine Überholung durch den Orgelbauer Pawaletz (Greifenburg) im Auftrag von Franz Čech (St. Veit/Glan). 1951 wurde die Orgel durch Stefan Markusich (St. Florian) elektrifiziert.

Wegen Abgängigkeit der Fuetsch-Orgel entschied sich die Gemeinde in den 1980er Jahren zu einem Neubau. Der Orgelbauer Paolo Ciresa (Bozen) erstellte 1987 ein komplett neues Werk mit mechanischen Trakturen, 21 Registern, zwei Manualwerken und Pedal. Die historischen Gehäuse von Wörle/Fuetsch blieben erhalten. Disposition sowie Intonation lassen leichte italienische Einflüsse nicht verleugnen. Sie verleihen der Orgel ein homogenes, ausgewogenes Klangbild, das mit ihrem barocken Äußeren im Einklang steht.

Die Pedalpfeifen stehen hinter dem Hauptwerksgehäuse. Die Windversorgung erfolgt über zwei Keilbälge im Turmraum; beide Bälge sind auch manuell zu bedienen. Die Spielanlage ist in die Front des Hauptgehäuses eingebaut. Die Registerzüge befinden sich links (HW) und rechts (RP, Ped) neben Klaviaturen und Notenpult. Die Koppeln sind über drei Hakentritte zu bedienen. Alle Trakturen sind vollmechanisch, die Windladen sind nach dem Schleifladensystem gebaut.