In früheren Jahrhunderten erhielt die Holdorfer Peter-und-Paul-Kirche zweimal gebrauchte Orgeln aus St. Catharina Dinklage: 1781 kam die Reinking-Orgel von 1680 aus Dinklage nach Holdorf. Und nach dem Neubau der Holdorfer Kirche stellte der Orgelbauer Kröger aus Goldenstedt 1868 die Müller-Orgel von 1781 in Holdorf auf. Diese wurde 1933 durch Otto Ritter (Goldenstedt) umgebaut.

Die heutige Orgel ist ein Werk der Orgelbaufirma Alfred Führer (Wilhelmshaven) aus dem Jahr 1969. Die zweimanualige Schleifladenorgel wurde ebenerdig vorne im linken Seitenschiff aufgestellt. Am 5. Oktober 1969 fand die feierliche Orgelweihe statt. Im Jahr 1997 führte die Orgelbauwerkstatt Führer eine Reinigung und Neuintonation durch. 2012 versetzten Thomas Franzmeier und Christian Wachtendorf vom Ostfriesischen Orgelservice die Orgel auf die neue Westemore um.

Das schlichte Eichenholzgehäuse zeigt in der Front drei Pfeifenfelder: das Hauptwerk und die beiden seitlichen Pedaltürme. Unter dem Hauptwerk steht das vergitterte Brustschwellwerk; die Jalousien sind durch die Vergitterung nach außen nicht zu sehen. Im Orgelfuß ist die Spielanlage mit mechanischen Registerzügen zu beiden Seiten des Notenpultes eingebaut. Die Koppeln werden über Hakentritte mit dem Fuß geschaltet. Die Spielanlage kann mit zwei Falttüren verschlossen werden.