Die Orgel der Klosterkirche Plasy gehört zu den bedeutendsten Barockorgel-Denkmälern Tschechiens. Sie wurde 1688 von Abraham Starck (Loket) erbaut und war mit 29 Registern größer als die bedeutende Mundt-Orgel der Prager Teynkirche. Gegenüber den geforderten 27 Registern baute Starck zwei weitere ein. Schon in zeitgenössischen Quellen wird die Plaser Klosterorgel als ein herausragendes Instrument gewürdigt, das in Böhmen seinesgleichen suchte. Die Plaser Orgel ist noch ganz im Geist des 17. Jahrhunderts gebaut und ist v. a. für die polyphone Musik des Frühbarock ausgelegt.

Bereits im späten 18. Jahrhundert wurden erste Veränderungen an dem Instrument vorgenommen. Der mittlere Teil des Hauptgehäuses wurde entfernt und der Spieltisch nun in freistehender Bauweise komplett überarbeitet. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts führte die Orgelbauwerkstatt E. Š. Petr einige kleinere Arbeiten aus, die aber gottseidank nicht wesentlich in die historische Substanz eingriffen.

Seit Ende der 1980er Jahre verfiel das Instrument zusehends und war zuletzt kaum noch spielbar. Um das Jahr 2000 wurde die Orgel ausgebaut und völlig ungeschützt ausgelagert. Ein Gerangel zwischen Kompetenzen und verschollene Spendengelder für eine Restaurierung sind traurige Beispiele für das noch nicht auf europäischen Standard vorgerückte Denkmalwesen in der Tschechischen Republik.

Glücklicherweise fanden sich einige private Großsponsoren, durch die das Projekt der fachgerechten Restaurierung 2004 in Angriff genommen werden konnte. Ausführende Werkstatt war Vladimír Šlaych aus Borovany. Am 5. September 2006 konnte das restaurierte Instrument feierlich eingeweiht werden. Die Restaurierungsarbeiten hatten das Ziel einer originalgetreuen Rückführung und teilweisen Rekonstruktion auf den Ausgangszustand von 1688. Durch die lagerungsbedingt durch Feuchtigkeit und Ungeziefer angegriffenen Originalteile zeigten sich die Arbeiten als recht aufwändig. Das Ergebnis kann sich aber umso mehr hören und sehen lassen. Die Rekonstruktion der dekorativen Elemente und des Figurenschmucks am Gehäuse wurde von Václav Stadnik ausgeführt. Aus Schutzgründen, da der Kirchenraum selber noch einer Restaurierung harrt, wurde kurz nach der Orgelweihe ein hölzernes Schutzgehäuse um die Orgel gebaut, das bis heute (2009) besteht.

Die rekonstruierte Spielanlage ist in das Verbindungsgehäuse unter dem Westfenster als Spielschrank eingebaut. Die Registerzüge für Haupt- und Pedalwerk befinden sich links und rechts von der Spielanlage (in jeweils zwei senkrechten Reihen; die Pedalregisterzüge unten). Die Rückpositiv-Registerzüge sind links und rechts neben der Spieltischfüllung über dem Pedal, also auf ziemlich niedriger Höhe angebracht. Alle Registerschilder sind ohne Fußtonangaben. Die Manualkoppel ist als Schiebekoppel eingerichtet, es gibt keine Pedalkoppeln. Die Stimmung ist modifiziert mitteltönig und liegt bei Stimmtonhöhe a¹ = 470 Hz. Der Winddruck beträgt 65 mmWS.